Desde Cusco vía terrestre y fluvial Es la ruta más utilizada por los visitantes, se inicia por la carretera hacia Paucartambo, ingresando a la zona andina del Parque Nacional del Manu por el sector Acjanaco. Posteriormente el viaje continúa por la carretera hacia Pillcopata pasando por el sector de San Pedro y el poblado de Patria.
Finalmente se llega al puerto de Atalaya, donde la mayoría de visitantes toman un bote para continuar por el río Alto Madre de Dios hasta el Puesto de Control Limonal, puerta de ingreso al Parque Nacional por el río Manu. Otra alternativa es continuar por tierra desde el puerto de Atalaya, pasando el río Carbón y el poblado de Villa Salvación para tomar un bote en varios puntos del río Alto Madre de Dios. Desde aquí se puede acceder a los famosos petroglifos de Pusharo tomando un desvío por el río Palotoa cerca de la comunidad de Shintuya, pasando por la comunidad nativa de Palotoa-Teparo.
Desde Cusco por vía aérea Desde Cusco se puede tomar un vuelo de 40 minutos a la comunidad nativa de Diamante, cerca de la localidad de Boca Manu. La pista de aterrizaje está a sólo 30 minutos fuera del Parque, ofreciendo un fácil acceso a los albergues y campamentos del río Manu. Pregunta a tu agencia de viajes sobre este servicio.
Desde Puerto Maldonado vía terrestre y fluvial Desde Puerto Maldonado se puede conducir hasta el pueblo de Santa Rosa en la carretera Interoceánica y luego hacia Puerto Carlos, donde existen botes disponibles para cruzar el río Inambari, luego se continúa en auto hasta el poblado de Boca Colorado. Aquí se aborda un bote y se viaja 6-7 horas por el río
Madre de Dios pasando por Boca Manu hasta el acceso al río Manu. Los grupos que entran por la ruta 1 a menudo utilizan esta ruta para salir del Parque.