Debido a lo hostil y complejo del territorio, si no eres local solo puedes ingresar a la reserva por 2 medios, como turista, contratando servicios de guiado con empresas reconocidas por la reserva o a través del programa de guardaparque voluntarios. Los servicios de guiado cuestan entre 40 a 100 USD/día, solo pueden entrar las empresas reconocidas por la reserva y a las zonas destinadas con fines turísticos. Hay varios tipos de servicios turísticos, siendo los más baratos los prestados por los grupos de turismo organizados de las comunidades aledañas. En cuanto al programa de voluntariado es necesario tener un manejo básico del idioma castellano y disponibilidad de permanecer al menos 45 días dentro de la reserva, como voluntario puedes desarrollar actividades de investigación y apoyar al equipo de guardaparques en sus funciones.
Es posible visitar la Reserva durante todo el año. En temporada de creciente (noviembre-abril) es más probable observar animales terrestres, porque se reducen las islas o restingas. En temporada de vaciante (mayo-octubre), se forman las playas y es más fácil observar animales acuáticos como lagartos, manatíes y delfines.
Existen 10 zonas de uso turístico dentro de la reserva: 5 ubicadas en la cuenca del Yanayacu-Pucate, la más cercana a la ciudad de Nauta (e Iquitos), 2 en la cuenca del río Samiria, una zona a la cual se llega desde Yurimaguas y otra desde Nauta (e Iquitos); y finalmente 3 zonas ubicadas en la cuenca del río Pacaya, a la cual se llega desde Iquitos y es la zona más alejada. En las cuencas del Yanayacu-Pucate y del Samiria las tierras son un poco más altas, por lo que existen bosques más altos y más comunidades nativas, así mismo son las zonas que presentan mayor presión antrópica, en especial el Samiria. Por otro lado la cuenca del río Pacaya es de tierras más bajas por lo que hay mayor cantidad de bosques inundados durante todo el año, formando aguajales y pantanos; en esta zona no hay comunidades asentadas y es ideal para observar fauna acuática.
Hay varias rutas y medios de transporte para acceder a la reserva y como se mencionó, solo se puede ingresar a esta mediante una agencia autorizada. Las agencias ingresan desde Iquitos, Nauta, Lagunas y Yurimaguas.
- Iquitos – Nauta: Carro 2 hrs / bote 10 hrs/ deslizador 3hrs
- Nauta - Yanayacu (RNPS): deslizador 1 hr
- Nauta – Samiria (RNPS): deslizador 1 hr
- Nauta – Pacaya (RNPS): deslizador 2 hrs
- Yurimaguas – Lagunas: Bote 12 hrs / deslizador 4 hrs
- Lagunas – Tibilo (RNPS): deslizador 1 hr
- Lagunas – Nueva Esperanza (RNPS): deslizador 3 hrs.
Con respecto a la seguridad no hay mucha delincuencia en la reserva ni en las ciudades por las que se accede (Iquitos, Nauta, Yurimaguas, Lagunas). Los mayores riesgos se encuentran en la naturaleza, algunas recomendaciones al respecto: contratar una agencia con experiencia, no andar solo por el bosque, ríos o lagunas, siempre preguntar a los guías antes de ingresar a los ríos o lagunas, andar con linterna por las noches, no caminar descalzo, utilizar ropa que cubra el cuerpo para evitar picaduras y enfermedades transmitidas por estas, vacunarse contra fibre amarilla, tétano, utilizar el mosquitero por las noches.